Al llarg del segle XIX un dels principals problemes va ser l’estat sanitari i, en especial, les malalties epidèmiques i les endèmiques. D’aquestes últimes, en destaca el paludisme, que es va veure afavorit pel fet que més d’un quart de les terres del Prat eren marines, zones pantanoses permanentment inundades i estanys. A més, el canal de la Dreta no disposava dels necessaris desguassos o acabaments, cosa que facilitava que les aigües s’estanyessin. Les riuades sovint deixaven com a seqüela grans basses i estanyaments d’aigües. També hi contribuïen negativament les freqüents riuades i la manca de condicions higièniques a l’interior dels habitatges, on solien conviure, en un mateix espai físic, adults, nens i bestiar (cavalls, porcs, conills o aviram).
En arribar la calor, les aigües estanyades entraven en un procés de putrefacció i descomposició i es convertien en un medi òptim per a la propagació de malalties com el paludisme o el còlera.
Pel que fa a les epidèmies, el còlera destacà pel fet que era freqüent i virulent. L’epidèmia més greu fou la que es produí entre l’agost i el setembre de 1854, que afectà prop d’un terç de la població: un total de 416 persones de poc més de 1.500 habitants. Hi hagué 147 morts.
Per fer front a la situació, i davant de les queixes de molts ajuntaments, la Diputació va constituir una comissió antipalúdica per estudiar-ne les causes i aportar-hi solucions. Al capdavant de la comissió hi havia el prestigiós metge Gustavo Pittaluga. La Mancomunitat va prohibir els conreus d’arròs, però un cop dissolta, l’Ajuntament del Prat encara va presentar algunes queixes aïllades. Finalment, es va abandonar el conreu de l’arròs i es van implantar conreus més rendibles i que necessitaven menys extensió de terra i menys mà d’obra.